Bài viết này là một bài mồ côi vì không có bài viết khác liên kết đến nó. Vui lòng tạo liên kết đến bài này từ các bài viết liên quan; có thể thử dùng công cụ tìm liên kết. (tháng 7 năm 2018)

Bài viết này cần thêm chú thích nguồn gốc để kiểm chứng thông tin. Mời bạn giúp hoàn thiện bài viết này bằng cách bổ sung chú thích tới các nguồn đáng tin cậy. Các nội dung không có nguồn có thể bị nghi ngờ và xóa bỏ. (Tìm hiểu cách thức và thời điểm xóa thông báo này)

Các hợp chất hữu cơ tìm thấy trong tự nhiên do sinh vật (thực vật, động vật, vi sinh vật và nấm) tạo ra được phân thành hai nhóm: chất trao đổi bậc một (chất chuyển hoá sơ cấp) và chất trao đổi bậc hai (chất chuyển hoá thứ cấp).

Chất trao đổi bậc một là các hợp chất thiết yếu cho sự tồn tại và phát triển của sinh vật như carbohydrat, chất béo, protein và acid nucleic. Các hợp chất này được tìm thấy phổ biến trong tất cả các loài, được các nhà nghiên cứu trong lĩnh vực hóa sinh chú trọng khảo sát nhưng ít được các nhà hóa học quan tâm vì cấu trúc hóa học của chúng ở những loài khác nhau cũng không khác nhau nhiều.

Ngược lại, nhiều hợp chất như terpenoid, alkaloid, sterol, phenol, có cấu trúc hóa học rất khác nhau và hiện diện rải rác trong sinh vật. Trong nhiều trường hợp, người ta rất mơ hồ về vai trò của các hợp chất này trong cơ thể sinh vật tạo ra chúng (sinh vật chủ). Các hợp chất này được gọi là chất trao đổi bậc hai hay hợp chất thiên nhiên (danh từ hợp chất tự thiên thông dụng hơn).

Tuy nhiên, những khái quát trên về hợp chất trao đổi bậc 1 và hợp chất trao đổi bậc 2 lại để một "vùng xám" ở ranh giới giữa 2 nhóm này. Do đó, một số hợp chất có nguồn gốc tự nhiên có thể được phân loại vào cả nhóm này hoặc nhóm kia.

Có thể kể đến điển hình là chất béo và đường. Chúng thường được liệt vào nhóm chuyển hoá sơ cấp, trong khi một số chất béo hoặc đường có cấu trúc hiếm gặp lại được tìm thấy ở một số ít loài. Tương tự như vậy, quá trình sinh tổng hợp steroid tạo ra một loạt các cấu trúc cơ bản phân bố rộng rãi, tuy nhiên một số steroid có hoạt tính dược lý rõ rệt, lại bị giới hạn tìm thấy ở một số sinh vật nhất định.

Hợp chất tự nhiên có 4 đặc điểm quan trọng nhất:

- Là những hợp chất hữu cơ có trong tự nhiên được tìm thấy trong các sinh vật (thực vật, động vật, vi khuẩn, nấm).

- Đặc trưng cho từng loài hoặc loài tương cận.

- Chưa rõ vai trò tác động lên sinh trưởng của thực vật.

- Có cấu trúc đa dạng.

Có nhiều cách phân loại các hợp chất tự nhiên, nhưng cơ bản nhất là phân loại dựa trên bộ khung cấu trúc hoá học và con đường sinh tổng hợp: thông thường được chia thành 4 nhóm hợp chất lớn: terpenoid, steroid, phenol, alkaloid.

Hầu hết các hợp chất tự nhiên là hỗn hợp của nhiều hợp chất khác nhau thường rất phức tạp, do đó cần phải được phân lập và tinh chế. Có nhiều trường hợp cần thiết để phân lập hợp chất tự nhiên, có thể là cô lập đủ lượng cần thiết để định danh cấu trúc hóa học, hóa học giáng hóa (phân rã cấu trúc từ đó định danh các nhóm chức), thử nghiệm sinh học, và nhu cầu nghiên cứu khác (lượng thường dùng từ miligam để hàng gram), ^{[ cần dẫn nguồn ]} hoặc phân lập trong "phân tích định lượng" những hợp chất quan tâm, khi hợp chất đó đã được định danh và định tính (ví dụ như trong mô hay dịch tế bào).

• El-Shemy HA, Aboul-Enein AM, Aboul-Enein KM, Fujita K Willow Leaves' Extracts Contain Anti-Tumor Agents Effective against Three Cell Types.: PLoS ONE. 2007;2:e178
• Newman DJ, Cragg GM Natural products as sources of new drugs over the last 25 years. Journal of Natural Products 70, 461-477 (2007).
• Dan Bensky, Steven Clavey, Erich Stoger, and Andrew Gamble Chinese Herbal Medicine: Materia Medica, Third Edition 2004
• Wade Davis One River 1997
• Hernan Garcia, Antonio Sierra, Hilberto Balam, and Jeff Connant Wind in the Blood: Mayan Healing & Chinese Medicine. 1999

• James Ralph Hanson, Natural Products: The Secondary Metabolites (2003), Royal Society of Chemistry, ISBN 0854044906
• Xiao-Tian Liang, Wei-Shuo Fang (editors), Medicinal Chemistry of Bioactive Natural Products (2006), Wiley-Interscience, ISBN 0471739332
• Peter B. Kaufman, Natural products from plants (1999), CRC Press, ISBN 084933134X
• Meenakshi. Sivakumar, S. Meenakshi, Sujata V. Bhat, Bhimsen A. Nagasampagi, Chemistry of Natural Products (2005), Springer, ISBN 3540406697

• Hóa học hợp chất thiên nhiên Lưu trữ ngày 3 tháng 2 năm 2007 tại Wayback Machine (Khoa Hóa học, trường đại học Tiểu bang Michigan)
• Thông báo về hợp chất tự nhiên (Hiệp hội Hóa học Hoàng gia Anh)
• Tạp chí các hợp chất thiên nhiên (Journal of Natural Products) (Hiệp hội Hóa học Hoa Kỳ)